Многие исследователи отмечали ряд недостатков в применении исполнительного бюджета на федеральном уровне. Бюджетные оценки при этом оказались не более осмысленны, чем оценки, связанные с линейно-объектными бюджетами. Неясны также основания для предпочтения какого-либо одного вида расходов другому. Не предусматриваются альтернативы, на базе которых можно было бы сделать «лучший» выбор. Эти же недостатки оказались характерными и для тех штатов и городов, где внедрялись исполнительные бюджеты.

Другой сложностью для работников финансовых служб является оценка качества работы. Точному измерению результатов деятельности государственных служб препятствуют трудности, внутренне присущие исполнительному бюджету. Несложно подсчитать объемы государственных закупок; как правило, нетрудно оценить и расходы на содержание государственного аппарата. Но «есть непреодолимые трудности в измерении результатов работы государственных служб, за исключением случаев, когда они имеют повторяющийся дискретный характер, например, почтовые услуги».

Наконец, система исполнительных бюджетов не ориентирована на решение долгосрочных проблем. Когда расходы планируются лишь на год вперед, «почти все возможности для будущих действий перекрываются предшествующими обязательствами».