С теоретической точки зрения недостатки системы ЗББ прежде всего связаны с проблемами ее внедрения: потенциальные пользователи опасаются повторного рассмотрения «любимых» проектов. Кроме того, количество необходимых пакетов решений может обескуражить ответственного за их рассмотрение руководителя — связанная с этим бумажная работа может иметь больше объема, чем смысла. Применимость процедур составления бюджета на нулевой основе ограничена ввиду использования лишь формально контролируемых показателей. В федеральном бюджете такие показатели составляют не более 25%. Система приоритетов все еще подвержена субъективным оценкам и ЗББ не может определить приоритеты между такими несходными видами деятельности как оборона, образование и энергетика. ЗББ непросто применить к программам штатов и муниципальным программам, которые имеют не местное, а федеральное происхождение, программам, финансирование которых находится за пределами контроля местных властей. Вдобавок трудности возникают в процессе идентификации подходящих единиц принятия решений, накопления надежной базовой информации для проведения эффективного анализа и определения минимального уровня приложения усилий. Разработка бюджета на нулевой основе требует от организации коренного совершенствования систем оценки деятельности, что необходимо для сравнений и определения приоритетов программ. Сами же процедуры анализа и ранжирования требуют значительных затрат времени и средств.

На практике недостатки системы ЗББ связаны прежде всего с невозможностью производить фундаментальные изменения в федеральной бюджетной практике. К тому же руководителям приходится определять приоритеты «в вакууме», не имея информации о том, какое влияние на взаимосвязанные программы могут оказать оценки, которые частично выставляются другими. Так, программа А может быть связана с программой Б, но в списке приоритетов она может быть расположена «далеко» от Б; успех реализации одной программы может зависеть от другой, но судьба последней никак не связывается при отборе с первой.