Разработка программного бюджета может потребовать существенных преобразований, которые способны оказать влияние на многие другие тесно связанные с бюджетом области. Реальные события в экономической, социальной и политической сферах могут существенно отличаться от предполагавшихся, что способно подорвать надежность проводившихся при составлении долгосрочного бюджета плановых расчетов. Анализ соотношения затрат и результатов далеко не всегда учитывает косвенные последствия или побочные эффекты предпринимаемых или предполагаемых действий. Количественный анализ результатов может оказаться невозможным; даже если такой анализ возможен, критерии выгодности и экономической эффективности могут превалировать над соображениям качества и производительности. Наконец, подобный бюджет требует централизованной координации, поскольку программы могут осуществляться самыми различными исполнителями.