Ориентация на анализ альтернатив приводит в состояние неопределенности всех участников системы. Неопределенность приходит на смену стабильности прежних бюджетных систем.

Сама по себе постановка целей оказывается затрудненной в силу сложности проблем и различного их видения разными участниками процесса целеполагания. А. Вилдавски так формулирует главную проблему ППБС: «Бюджетный процесс в ППБС самым тесным образом связан с политикой; однако основная трудность в процессе формулирования и проведения политики коренится в том, что мы не знаем, чего же именно мы на самом деле пытаемся достичь».

Метод анализа «затраты — выгоды» еще недостаточно разработан, чтобы отвечать всем предъявляемым к нему требованиям. Так, отмечаются «трудность рассмотрения потоков затрат и выгод во временной последовательности, в отличие от простой их оценки на заданный момент времени». В нынешней процедурной форме наиболее очевидный недостаток метода «затраты — выгоды» состоит в том, что такие факторы, как характеристики социальных систем или работы различных служб с крайне трудно определимыми результатами, не поддаются измерению. Более того, выделяются две точки зрения на применение метода «затраты — выгоды». Сторонники одной придерживаются мнения, что метод анализа затрат и прибылей должен учитывать все соображения, включая политические затраты и выгоды. Сторонники противоположной точки зрения утверждают, что это привело бы к принятию в расчет только политических и игнорированию экономических и рациональных аргументов. В настоящее время метод анализа «затраты — выгоды» выполняет, видимо, лишь скромную вспомогательную роль, обеспечивая более прочные основания для интуитивных оценок. «Политики хотят знать, какие группы населения получат наибольшие выгоды и на кого ляжет бремя потерь в результате принятых ими решений».