В литературе, посвященной бюджетному строительству, программному бюджету явно не повезло. Его путают как с исполнительным бюджетом, так и с системой планирования, программирования и бюджетирования (ППБС — Planning, Programming, Budgeting System). Даже когда Гуверовская комиссия ввела в обращение понятие «исполнительный бюджет», наблюдалось взаимозаменяемое использование рабочей группой этой комиссии терминов «программный бюджет» и «исполнительный бюджет». А. Шик отмечал «отсутствие единообразного употребления, когда для описания одних и тех же вещей одни предпочитают название «программный бюджет», а другие — «исполнительный бюджет». Путаница усилилась еще больше, когда этот термин стал ассоциироваться с системой ППБС».

Буркхед попытался провести различие между исполнительным и программным бюджетами. Программу можно относить к более высокому организационному уровню, чем исполнение. Поскольку программа может охватывать несколько исполнительных организационных уровней, то и программный бюджет должен быть более широким и интегрированным, чем исполнительный. Программные затраты являются обобщенными суммарными затратами, которые получаются путем агрегирования затрат различных подразделений организации. Подобная детализация расходов подразделений организации совсем необязательна для программного бюджета, поскольку он далеко не всегда базируется на деятельности только этих подразделений.