Кроме того, организация или учреждение могут быть заняты одновременно в нескольких программах, но внутри них ответственность за деятельность несут конкретные подразделения. Поэтому в контексте организационной структуры программный бюджет отвечает организационным потребностям более высокого уровня, в то время как исполнительный бюджет лучше приспособлен для задач более низкого уровня. Другими словами, программный бюджет более централизован.

Программный бюджет нацелен на длительную перспективу и является долгосрочным. Исполнительный — основан на опыте прошлой работы и достижений, в то время как программный строится на основе оценки того, каких результатов деятельности следует ожидать в будущем. Таким образом, программный бюджет лучше приспособлен для формирования государственной социально-экономической политики.