Чтобы увеличить степень рациональности принимаемых решений, ППБС позволяет следующее:

1. Формулировать в результате анализа цели и задачи.

2. Выявлять альтернативы достижения целей.

3. Предсказать последствия каждой альтернативы.

4. Выбрать наиболее предпочтительную альтернативу.

5. Разработать полную программу работ, необходимых для достижения целей.

Однако ППБС имеет и недостатки, как внутренние, так и внешние. Для успешного использования на уровне местных органов власти она нуждается в весьма существенной модификации.

Во-первых, существуют внутренние трудности, связанные с самой структурой системы, процедурой постановки целей и методом анализа затрат и выгод. Характер процедур разработки бюджета в ППБС тяготеет к централизации процесса принятия решений. Ответственность за принятые решения и выбранную политику ложится на центральные органы, что приводит к улучшению координации деятельности, но за счет утраты инициативы и инновационной активности с точки зрения разработки новых альтернатив на более низких уровнях принятия решений.

Акцент, который ППБС делает на межорганизационной природе целей и задач снижает значимость существующих межорганизационных границ. Этот подход разрушает имеющиеся коммуникационные каналы между административными единицами. Поскольку схемы межорганизационных связей, необходимых для выполнения каждой задачи, будут в каждом случае различными, ППБС неспособна создать ни одного устойчивого канала связи взамен имеющихся.